Macでrstanの実行環境を用意する

パソコン買い換えた時にrstanの実行環境を用意した時のメモです。

想定するOS/Rのバージョン

• OS　Catalina 10.15.1
• R 3.6.1 

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手順1.C++コンパイラの導入

Stanの実行に必要なのでc++のコンパイラをPCにいれてない人はこの手順1を行ってください。(他にXcodeというMac向け開発環境からc++を入れる方法もあるようなのですが、自分は失敗しました。)

CRANのサイトからclang-7.0.0.pkgをダウンロードしてインストールしてください。

cran.r-project.org

以上で手順1は完了です。

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手順2.rstanのダウンロード

RStan公式のgitリポジトリに従ってrstanのインストールを行います。

github.com

古いバージョンのrstanを消します。RStudioのコンソールから次のコマンドを実行しましょう。

remove.packages("rstan")
if (file.exists(".RData")) file.remove(".RData")

最後にRstanのパッケージをダウンロードします。

install.packages("rstan", repos = "https://cloud.r-project.org/", dependencies = TRUE)

以上で、rstan環境が用意完了です。試しにpoisson分布のサンプリングでテストしてみます。

library("rstan")
Poisson.model <- "
data {
    int N;
    int<lower=0> x[N];
}
parameters {
    real<lower=0> lambda;
}
model {
    for (n in 1:N) {
        x[n] ~ poisson(lambda);
    }
}    
"
N <- 100
lambda <- 4
x <- rpois(N, lambda)
.data <- list(N = N, x = x)
.fit <- stan(
    model_code = Poisson.model ,
    data=.data,
    iter=2000,
    warmup=200
)
stan_hist(.fit)

サンプリング結果

サンプリングできていれば、成功です。もしrstan実行時に次のようなエラーメッセージが吐かれている場合、c++導入が正しくできてない可能性があるので手順1の方法を試してみると良いかもしれません。

    compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) でエラー: Compilation ERROR, 
    function(s)/method(s) not created! /bin/sh: /usr/local/clang7/bin/clang++: No such file or directory